E. coli à Lille

Le génome de la bactérie décrypté

Publié le 18/07/2011

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EN MOINS de trois jours, une équipe de l’institut Pasteur de Lille est parvenue à réaliser le séquençage complet du génome de la souche d’Escherichia coli 0157, isolée d’un des enfants hospitalisés au CHRU de Lille, une « première mondiale », selon les chercheurs. La prouesse devrait aider, à terme, de mieux comprendre comment l’évolution du patrimoine génétique d’E. coli a pu amener à de telles conséquences pathologiques chez l’homme. De même, elle devrait permettre d’accélérer la mise au point de nouveaux outils de diagnostic et d’améliorer la prise en charge thérapeutique. « Ce qu’on a trouvé n’a pas d’impact sur le traitement des patients » hospitalisés à Lille, a souligné Philip Supply, directeur de recherche au CNRS, à l’institut lillois. Mais, « à moyen terme, on pourra par exemple savoir précisément quel genre de toxines sont produites, comprendre la résistance aux

antibiotiques, et développer des vaccins ».

L’opération a pu être réalisée grâce à une nouvelle technologie de séquençage par semi-conducteurs (Ion Torrent, Life Technologies) qui permet de déchiffrer un génome en un temps record à partir d’une « librairie » d’ADN stockée dans une puce électronique. Il a été facilité par la coopération entre les équipes : « Le laboratoire de microbiologie du CHRU a isolé et cultivé la souche puis l’a transmise aux équipes de la plate-forme de transcriptomique et génétique appliquée de l’institut Pasteur de Lille et de l’équipe R & D génomique de la société Gènes Diffusion », explique l’institut.

Depuis le début de l’épidémie déclarée en juin dans le nord de la France, 18 cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) ont été identifiés, dont 11 (tous des enfants) ont été rattachés à la consommation de viande surgelée contaminée de la marque Steak Country. Certains parents ont déposé une plainte pour blessures involontaires, un délit passible de trois ans d’emprisonnement et 45 000 euros d’amende. Leurs plaintes ont été centralisées au parquet de Douai. L’enquête a été confiée à la police judiciaire de Lille et à l’Office central de lutte contre les atteintes à la personne.

› Dr L. A.