Tout comme en ce qui concerne les bactéries, la pathologie fongique est foncièrement évolutive, avec l’émergence de nouveaux agents ainsi que de phénomènes de résistances.
De fait, les mycoses profondes invasives occupent une place de plus en plus importante dans la pathologie infectieuse et leur pronostic est encore souvent préoccupant, grevé par un taux de mortalité élevé. Il s’agit d’un problème majeur des services prenant en charge les patients multi-opérés et/ou immunodéprimés.
Il s’agit le plus souvent de mycoses cosmopolites, d’infections opportunistes (candidoses, aspergilloses, cryptococcoses ; ces germes étant des commensaux des muqueuses digestives, des saprophytes de la peau ou des muqueuses ou encore présents largement dans l’environnement, tout particulièrement dans les matières organiques en décomposition), mais il ne faut pas méconnaître non plus l’importance des mycoses profondes tropicales avec des formes de dissémination (histoplasmoses, coccidioïdomycoses, paracoccidioïdomycoses, blastomycoses, sporotrichoses, pénicillioses…).
Le diagnostic peut être direct (isolement, colorations spéciales, culture) ou indirect (recherche d’anticorps, d’antigènes).
Une mycose profonde peut se caractériser par une fièvre résistante aux antibiotiques, d’autres signes cliniques (dysphagie, toux, dyspnée, hémoptysies, douleurs thoraciques, ulcération nasale, manifestations oculaires, neurologiques, ostéoarticulaires, rénales, cardiaques, hépatiques, hypertension artérielle…), des signes radiologiques (opacités pulmonaires, lésions ostéolytiques)…
Selon les cas, les antifongiques peuvent être utilisés systématiquement en prévention, en traitement « empirique » d’infections fongiques présumées chez des patients neutropéniques (taux de polynucléaires neutrophiles inférieur à 500/mm3) fébriles ou, bien entendu, chez des patients dont la nature fongique de l’infection a été formellement établie.
Une escalade thérapeutique est la règle en cas d’infections réfractaires ou d’intolérance à l’antifongique utilisé en première intention, souvent l’amphotéricine B.
La durée du traitement est adaptée en fonction de la réponse clinique et microbiologique du patient. En général, le traitement antifongique doit être poursuivi au moins 7 jours (aspergillose) ou 14 jours (candidose) après la résolution des symptômes et la dernière culture positive.
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