RAPPELONS les faits. Entre mai et juillet 2011, une épidémie à Escherichia coli frappe l’Allemagne. On compte 4 000 cas de diarrhée sanglante, 850 cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) et 50?décès. La même souche d’E. coli sévit en France (juin 2011), dans la région de Bordeaux, mais elle est beaucoup moins sévère (9 cas de SHU). Dans les deux pays, on incrimine le sérotype O104:H4 d’E. coli producteur de Shiga-toxine et possédant, entre autres, le plasmide (pAA) qui confère à la souche son caractère entéroagrégatif. On se souvient que l’infection fut finalement attribuée à des graines germées contaminées.
Les méthodes épidémiologiques classiques (comme le sérotypage, l’électrophorèse en champ pulsé ou la rep-PCR) ne permirent de déceler aucune différence entre les E. coli responsables des deux épidémies. L’approche de l’équipe de William P. Hanage, qui a réuni des Américains, des Danois ainsi que des chercheurs de l’hôpital Robert-Debré et de l’Institut Pasteur (Paris), donne une tout autre représentation.
Ils ont utilisé une méthode de séquençage de génome complet (plate-forme Illumina Sequencing) pour étudier quatre isolats en provenance de l’épidémie allemande. La diversité génomique des souches s’est avérée extrêmement faible puisque l’analyse ne met en évidence que deux polymorphismes nucléotidiques (SNP). L’examen des souches prélevées en France (11 isolats provenant de 7 patients) crée la surprise.
Les souches prélevées en France créent la surprise.
Les chercheurs découvrent, cette fois, 19?SNP, ce qui témoigne d’une diversité génomique considérable par rapport aux E. coli responsables de l’épidémie outre-Rhin. Il est donc vraisemblable, estiment-ils, que la bactérie en cause chez nos voisins représente une sous-population (un clade, ou embranchement phylogénétique) des souches découvertes lors de l’épidémie dans le sud-ouest de la France.
Pour s’assurer qu’ils ne retrouvaient pas, dans l’épidémie allemande, la diversité génomique des E. coli O104:H4 de l’épidémie française, les chercheurs ont analysé huit souches allemandes supplémentaires récemment répertoriées dans la banque de données GenBank. Ils n’observent, dans aucun des génomes ainsi étudiés, les 19?SNP identifiés dans l’épidémie française.
Ainsi, bien que les isolats bactériens soient, dans les épidémies survenues en France et en Allemagne, très proches, leur diversité génomique diffère grandement, comme ne pouvait le mettre en évidence qu’un séquençage de génome complet. Les chercheurs envisagent plusieurs explications possibles. Cette situation pourrait refléter le phénomène dit de goulet d’étranglement stochastique, soit une perte de variation génétique aléatoire au niveau des souches d’E. coli retrouvées en Allemagne. Une autre hypothèse est que les graines à l’origine de la contamination en France contenaient des souches bactériennes à plus grande variabilité génomique que celles que renfermaient les semences incriminées dans l’épidémie en Allemagne. Enfin, on peut supposer que la différence de variabilité serait secondaire à des facteurs de l’environnement indéterminés ayant influencé les taux de mutation des bactéries différemment dans les deux pays ; il peut s’agir, par exemple, de conditions d’ensemencement différentes (type d’eau utilisée, températures, durée de germination) employées dans les fermes en France et en Allemagne.
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