Plusieurs membres du Conseil scientifique rappellent les incertitudes concernant ce variant aux nombreuses mutations qui a entraîné l'isolement de l’Afrique australe du reste du monde en quelques jours.
Omicron a été détecté en Afrique du Sud autour du « 8 ou 9 novembre », date à partir de laquelle le pays a connu une augmentation des cas de Covid-19, indique le Pr Lina. Les résultats de son séquençage, connus le 23 novembre, ont fait apparaître une « série de mutations extrêmement nombreuses », lançant un « signal international », poursuit-il. Son émergence pourrait être le résultat d’un portage prolongé du virus chez un patient immunodéprimé dans un pays où la vaccination reste faible (autour de 28 %) et où le variant Delta circule peu.
Omicron est porteur d’environ 50 mutations, dont plus de 30 dans la protéine Spike et certaines à l'extrémité N-terminale, une région « impliquée dans la réponse immunitaire », souligne le Pr Lina. Certaines mutations sont communes aux variants Alpha, Bêta, Gamma ou Delta, mais d'autres inconnues, et surtout leurs combinaisons, peuvent faire craindre un échappement immunitaire.
« Apparemment, il ne perd pas en capacité de transmission », indique le Pr Lina, ajoutant qu’il y a des « possibilités de réinfection ». Les tests PCR et antigéniques fonctionnent, Omicron n’entraînant pas de défaut de dépistage. Le criblage est plus délicat, malgré la mobilisation du consortium Emergen, coordonnée par Santé publique France. Actuellement, les variants en circulation en France justifient trois tests de criblage. Un quatrième se révèle nécessaire pour détecter Omicron. « La délétion 69/70 dans Spike » devrait être ciblée, selon le virologue, qui indique collaborer avec les autorités sud-africaines pour obtenir une souche du nouveau variant.
Cas contacts isolés, même vaccinés
Côté virulence, des « symptômes légers » ont été rapportés par la Dr Angelique Coetzee, présidente de l'Association médicale sud-africaine, qui a traité une trentaine de patients contaminés par Omicron, dont des vaccinés. Fatigue, courbatures, toux sèche, faible fièvre ou « une gorge qui gratte » sont décrits chez des patients âgés de moins de 40 ans.
Des études vont être lancées pour évaluer la sensibilité d’Omicron aux traitements, tant pour les anticorps monoclonaux que pour les antiviraux. Des études de séroneutralisation vont être menées. Les résultats sur l’immunité humorale sont attendus dans « deux ou trois semaines », explique l’épidémiologiste Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique. Pour la réponse cellulaire, les données observationnelles ne pourront pas être disponibles « avant deux mois », poursuit-il.
L’adaptation des vaccins à ARNm à ce nouveau variant réclame un « délai théorique de 100 jours », selon le Pr Jean-François Delfraissy, président du Conseil scientifique, qui se veut prudent quant à la mise à disposition rapide d’une éventuelle nouvelle formule.
La vaccination, la campagne de rappel et les mesures barrières restent nécessaires pour garder le contrôle de l’épidémie. Impossible à ce stade de prédire si « la vague Delta peut freiner Omicron », mais « les mesures de freinage de l’épidémie Delta vont être utiles contre Omicron », estime Arnaud Fontanet.
Un message adressé aux professionnels de santé par la Direction générale de la santé (DGS) stipule que toute personne « contact » d'une autre, testée positive au nouveau variant, devra être isolée même si elle est vaccinée.