Décrit dans le « Clinical Infectious Diseases », il s'agit du premier cas grave de réinfection par le variant sud-africain (501Y.V2).
« Des réinfections ont été décrites, mais restent rares, quoique probablement sous-estimées (31 cas confirmés dans le monde en janvier 2021), et elles sont dans la plupart moins graves que l’infection initiale », indiquent les auteurs. L'arrivée de nouveaux variants associés à une hausse de l'incidence et de la mortalité questionne le risque de réinfection mais aussi l'efficacité vaccinale.
L'hypothèse d'une excrétion virale persistante écartée
Le patient, présentant un antécédent d'asthme, avait déjà été infecté par le SARS-CoV-2 en septembre (avec confirmation par test RT-PCR positif), mais n'avait alors présenté que de la fièvre et une dyspnée modérées, avec résolution en quelques jours. En décembre, il a été testé deux fois négatifs par RT-PCR.
En janvier, 129 jours après la première infection, le patient a été hospitalisé car il souffrait de nouveau de fièvre et de dyspnée. Un nouveau test RT-PCR s'est révélé positif et le séquençage du génome viral (non réalisé lors de la première infection) a permis d'identifier trois mutations au niveau de la protéine Spike du virus (D80A, E484K et N501Y), ces mutations étant spécifiques du variant sud-africain. Sept jours après son admission à l'hôpital, le patient a développé un SDRA, requérant une ventilation mécanique. Il a été traité par l'association dexaméthasone et tocilizumab. Il était toujours dans un état critique au moment de la soumission de l'article, rapportent les auteurs.
« La survenue de la primo-infection un mois avant l’émergence de la souche 501Y.V2 en Afrique du Sud et trois mois avant sa première description en France écartent l’hypothèse d’une excrétion virale persistante de la première infection », estiment les auteurs. La sérologie réalisée au début de son hospitalisation était positive pour les IgG spécifiques du SARS-CoV-2, « suggérant que l’immunité développée à l’issue de la première infection n’a pas permis d’éviter la réinfection par le variant sud-africain », lit-on dans un communiqué de l'AP-HP.
La durée de l'immunité conférée par une première infection fait l'objet de nombreuses discussions. Le suivi des patients infectés au cours de la première vague suggère que l’immunité adaptative confère une protection acceptable contre la réinfection pendant au moins six mois, notent les auteurs, précisant que des cas de réinfections ont toutefois été signalés malgré des taux sériques d’anticorps neutralisants détectables, avec dans certains cas une deuxième infection plus sévère.
« Notre cas montre que le variant 501Y.V2 peut aussi être responsable de réinfections sévères après une première infection légère par le SARS-CoV-2 (non variant). Il est urgent d’effectuer d’autres recherches pour évaluer l’immunité croisée contre le 501Y.V2 et pour surveiller l’efficacité du vaccin contre les nouveaux variants », concluent les auteurs. De premières données tendent à montrer que l'efficacité des vaccins serait moindre contre ce variant sud-africain, en particulier pour le vaccin d'AstraZeneca.