Plusieurs cas de contaminations animales par différents variants de SARS-CoV-2 d’origine humaine ont été rapportés, touchant une grande diversité d’espèces parmi les animaux de compagnie, d’élevage (mustélidés) ou de la faune sauvage.
Parmi les animaux de compagnie, une infection naturelle chez deux lapins par le SARS-CoV-2 a été rapportée en France. À Hong Kong, en janvier 2022, des hamsters dorés, importés de Tchéquie via les Pays Bas, auraient été à l’origine d’un foyer épidémique par le variant Delta touchant 58 personnes. « Depuis l’épisode des visons d’élevage, c’est la première fois qu’une contamination de hamsters d’origine humaine serait suivie d’une transmission en retour vers l’Homme, puis d’une propagation épidémique par transmission interhumaine », commente l’Académie de médecine, qui s'est emparée du problème. Les Sages ajoutent que « la grande sensibilité du hamster au SARS-CoV-2 désigne cet animal de compagnie comme un réservoir potentiel ».
Dans la faune sauvage, des cervidés ont été contaminés en Amérique du Nord. De telles infections n’ont pas été retrouvées en Europe, mais des cas de séropositivité ont été découverts dans d’autres espèces de la faune sauvage : loutres et visons en Espagne, martres et blaireaux en Bretagne… Plusieurs espèces, classées nuisibles en France du fait de leur prolificité, sont aussi très sensibles au SARS-CoV-2 : le vison d’Amérique, le chien viverrin et le renard roux.
C’est pourquoi l’Académie nationale de médecine recommande :
- de maintenir une surveillance continue des infections détectées chez les animaux domestiques ainsi que dans la faune sauvage et vivant à proximité de l’homme, sensible au SARS-CoV-2 ;
- d’effectuer un séquençage systématique pour chaque cas trouvé positif en RT-PCR ;
- d’avertir les personnes infectées, symptomatiques ou non, qu’elles doivent appliquer aussi les mesures d’isolement vis-à-vis des animaux vivant dans leur entourage ;
- d’informer les chasseurs, les travailleurs forestiers et toute personne exerçant une activité au contact de la faune sauvage et liminaire (centres de soins spécialisés, zoos…), ainsi que les visiteurs des parcs animaliers, sur les risques zoonotiques encourus.
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