L'effet de l'alimentation sur la composition du microbiote commence de manière très précoce dès la naissance avec la nature du lait utilisé (lait maternel ou lait artificiel). Un régime alimentaire équilibré soutient la formation et la stabilité d'une communauté microbienne bien diversifiée. Aujourd'hui on estime que le microbiote d'une personne sur quatre peut être atrophié avec une modification importante de la biodiversité microbienne.
Des échanges mutuels
La composition et la nature des aliments peuvent avoir un effet très rapide sur la composition de la flore intestinale. L'interaction entre l'alimentation et le microbiote intestinal est mutuelle. Les hydrates de carbone, les graisses, les protéines et les vitamines consommés par l'hôte peuvent être utilisés par le microbiote alors que l'alimentation a un rôle majeur sur de nombreuses fonctions des microbes. L'impact de l'alimentation est principalement associé à la capacité de certaines bactéries à dégrader les aliments non digérés. En effet, le microbiote intestinal assure son propre métabolisme en puisant dans les résidus alimentaires non digestibles. Leur fermentation produit des nutriments pour les cellules de l’intestin. Elle leur fournit l’énergie nécessaire à leur maintien et leur renouvellement. L’intégrité de la muqueuse est alors préservée. Dans le même temps, les micro-organismes jouent un rôle direct dans la digestion, ils facilitent l'assimilation des nutriments grâce à un ensemble d'enzymes dont l'organisme n'est pas pourvu.
Maintien de l'équilibre
Certains aliments vont permettre de maintenir un microbiote en équilibre. Parmi eux les fruits et les légumes, sources de fibres alimentaires, ceux qui ont un effet prébiotique servant de nourriture aux bactéries bénéfiques implantées dans l'intestin (artichaut, asperge, banane, oignon, figue, blanc de poireau, ail…), et les aliments riches en ferments lactiques que l’on trouve naturellement dans les yaourts, les laits et les fromages fermentés. Ce sont les fibres qu'il faut privilégier surtout en qualité (donc en diversité) plutôt qu'en quantité. Un régime végétalien ou végétarien peut modifier le microbiote par rapport au régime omnivore. Les sujets ayant une alimentation riche en fruits et légumes frais et en céréales ont une population bactérienne plus importante et plus diversifiée par rapport à ceux dont l'alimentation est riche en graisses et en sucre.
Fibres alimentaires et bactéries coliques
Les fibres alimentaires sont le fuel du microbiote, elles conditionnent ses activités métaboliques. Les principales fibres ciblées par les bactéries coliques sont les polysaccharides et l’amidon résistant (présent dans les légumes secs, les pommes de terre, les graines et certaines céréales). Il apparaît que leur modulation dans le côlon pourrait avoir un réel intérêt dans le syndrome de l'intestin irritable (SII). En effet, leur fermentation colique conduit à la production de gaz et d'acides gras à chaîne courte, en particulier le butyrate. Leur production excessive peut expliquer la mauvaise tolérance de l'organisme à la consommation de certaines fibres dont les Fodmaps, le fructose, les fructanes, l'inuline et le lactose. En limitant les apports de fibres non digestibles on peut ainsi diminuer les ballonnements secondaires aux productions de gaz et peut-être même les diarrhées et les douleurs abdominales.
Régime méditerranéen et flore intestinale
Lorsque l'alimentation est trop riche en sucres et en graisses, le microbiote ne parvient plus à réguler cet afflux d’énergie. Le corps réagit en stockant du gras dans les cellules adipeuses. Des interventions diététiques modifiant la quantité et la qualité de certains nutriments peuvent modifier la biodiversité des bactéries présentes et induire une dépense énergétique plus importante, une diminution du stockage des graisses ou une sensation de satiété. Chez certains patients en surpoids, un régime hypocalorique composé d'une grande diversité de fibres, de très peu de graisses et d'un peu plus de protéines que la moyenne serait capable d'améliorer des anomalies métaboliques et cardiovasculaires associées à l'obésité. Le régime méditerranéen est un modèle alimentaire qui peut moduler le microbiote même en cas de signes cliniques du syndrome métabolique. Des études ont montré que poursuivi pendant un an, il peut exercer un effet protecteur sur le développement du diabète2. Un suivi plus long (deux ans) chez de sujets avec syndrome métabolique révèle qu'il est capable de restaurer le microbiote potentiellement bénéfique.
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