« Nos précédents travaux ont indiqué que des tests basés sur la méthylation dépassent les approches traditionnelles de séquençage de l’ADN pour détecter de nombreux types de cancer dans les échantillons sanguins. Les résultats de la nouvelle étude montrent que de tels tests offrent une voie possible pour dépister les cancers à titre individuel », explique le Dr Geoffrey Oxnard, oncologue thoracique au prestigieux Dana-Farber Cancer Institute et premier signataire de l’étude.
Origine tissulaire du cancer
Le test analyse l’ADN circulant dans le sang issu de la nécrose des cellules tumorales. À la différence des biopsies liquides qui détectent des mutations génétiques ou d’autres altérations de l’ADN tumoral circulant, le nouveau test détecte certaines méthylations de l’ADN qui sont associées à des cancers (test de méthylation ciblée). Des processus épigénétiques, tels que la méthylation de l’ADN, jouent en effet un rôle dans le développement du cancer. Au cours de ce processus, des groupements méthyle se fixent en divers endroits de l’ADN pour contrôler l’inactivation des gènes (méthylés) ou leur activation (non méthylés) dans la cellule à un temps donné ; et des anomalies de la méthylation se révèlent, dans de nombreux cas, plus sensibles que les mutations en termes de détection tumorale et du type de tumeur. Le test cible ainsi des parties du génome sur lesquelles des profils de méthylation anormaux sont observés dans les cellules cancéreuses. Il utilise des algorithmes d’apprentissage automatique pour détecter la présence d’un cancer et identifier son origine tissulaire.
Une sensibilité globale à 76 %
L’étude longitudinale a analysé près de 3 600 échantillons sanguins, dont environ 1 500 avec cancer (plus d’une vingtaine de cancers à tout stade) et 2 000 sans cancer. La spécificité du test est de 99,4 %, autrement dit le pourcentage de faux positifs est de 0,6 %. Et grâce à l’apprentissage automatique, cette spécificité pourrait encore s’améliorer dans le futur. Pour un groupe prédéfini de 14 types de cancers à mortalité élevée (anorectal, colorectal, gastrique, œsophage, hépatobiliaire, vésicule biliaire, pancréatique, sein à récepteurs hormonaux négatifs, ovaire, poumon, leucémie lymphoïde, lymphome, myélome, tête et cou), la sensibilité globale du test est de 76 %, et varie selon le stade : 32 % au stade I, 76 % au stade II, 85 % au stade III et 93 % au stade IV.
« Ce test a pu atteindre une spécificité extrêmement élevée (99,4 %) avec une sensibilité de 76 % pour un groupe prédéfini de 14 types de cancer, précise au « Quotidien » le Dr Oxnard. Nous avons constaté que la sensibilité est associée au stade et notamment au stade II-III. Enfin, le test de méthylation ciblé peut prédire le tissu d’origine des cancers détectés, avec une précision de 89 %. Ainsi l’ensemble de ces résultats suggère que ce test possède les caractéristiques nécessaires pour poursuivre son développement en tant que test de détection du cancer ».
« Ceci n’est pas le rapport final, prévient le Dr Oxnard. Une validation indépendante supplémentaire est en cours. Et les résultats de l’étude STRIVE seront rapportés séparément ».
Dépistage de la population
Néanmoins, « nos résultats ont été confirmés dans une cohorte de validation indépendante et ont été présenté au congrès de l’ASCO (du 11 au 13 octobre 2019). De plus, les essais STRIVE et SUMMIT détermineront aussi la performance du test dans le cadre du dépistage de population, explique le Dr Oxnard. Pour l’heure, nos résultats nous permettent de poursuivre le développement clinique de ce test de détection. Nous espérons pouvoir le proposer dans le cadre d’essais cliniques prospectifs dans un avenir proche ».
L’étude SUMMIT, menée à Londres, a été ouvert aux inclusions. Au total, 50 000 sujets âgés de 50 à 77 ans, non diagnostiqués avec un cancer, seront inclus ; la moitié des patients sera des sujets à haut risque de cancers, y compris du poumon, par suite d’un tabagisme élevé.
G. Oxnard et al., congrès de l’ESMO 2019 à Barcelone.
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